Bereits 1485 wurde in Pontresina durch Johannes Maurizius Tepesta eine Kapelle zur Anbetung des Heiligen Geistes mit bischöflicher Erlaubnis erbaut. Sie wurde nur kurze Zeit genutzt und ist rasch wieder in Vergessenheit geraten. In den Kellerräumen des Hauses Aebli, Ecke Via Maistra/San Spiert wurden 1941 Überreste der ehemaligen Kapelle gefunden.

Die heutige Kirche hat eine bewegte Geschichte hinter sich. In ihren 60 Jahren hat sie drei Bauetappen erlebt. Im Januar 1923 konnte der ganze Gebäudekomplex des Restaurant-Casino Tais - bestehend aus Restaurant, Casino-Saal und einem darunter gebauten Stall - gekauft werden.

Während das Restaurant noch in Betrieb blieb, wurde der Saal in eine Kirche umgebaut und schon am 15. Juli 1923 durch den Generalvikar von Chur, den späteren Bischof Dr. Laurentius Matthias Vinzenz, eingeweiht. 1927 folgte eine zweite Bauetappe: Das Restaurant wurde zum Pfarrhaus umgebaut. Zusätzlich wurde ein romanischer Turm zwischen Pfarrhaus und Kirche eingefügt, der ein kleines Glöcklein aus dem Jahre 1597 zum Geschenk bekam. Das Innere der Kirche wurde kaum verändert. Die Sakristei befand sich noch hinten im Pfarrhaus. Auch war hinten noch eine kleine Empore mit Harmonium eingefügt.

Die Kirche war mit ihren 100 Sitzplätzen vor allem in der Saison immer viel zu klein. So drängte die Situation zu einem Erweiterungsbau. Im Juli 1955 konnte mit dem Erweiterungsneubau begonnen werden. Das Kirchenschiff wurde durch einen grossen Chor verlängert. Dem Chorneubau wurde rechts eine Seitenkapelle - die so genannte Bruder-Klausen-Kappele - und links die Sakristei angefügt. Dadurch erhielt die Kirche 100 Sitzplätze mehr und hat somit bis heute 200 bis 230 Sitzplätze.

Auch wurde der Haupteingang neu gestaltet. Im Chor wurde eine Steinskulptur angebracht, eine schwebende Heilig-Geist-Taube, unter welcher zwölf Flammenzungen in feurigem Rot verteilt waren. Diese zweite, vergrösserte Pfarrkirche wurde am 30. November 1956 durch Bischof Dr. Christianus Caminada von Chur geweiht. 1973 erfuhr die Pfarrkirche einen Innenumbau, durch den die Empore dem Pfarrhaus einverleibt und eine grosse Orgel im Chorraum eingebaut wurde. Im Sommer 2009 wurde der neuangelegte Kirchenvorplatz festlich eröffnet.

Gottesdienste:
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